一、創作著述
1989 〈天理教の台灣における傳道と受容：戦後の信仰形態の変容について〉，《民族學研究》54(3)：292–309，東京：日本民族學會。（中文版見1991）
1990 〈承續町人文化傳統──大阪大學〉，《日本文摘》53：110-112，台北：日本文摘雜誌社。
1991 〈天理教在台灣傳教的過程：論戰後信仰型態的變化〉，《研究論叢》4：25–44，天理：天理教海外傳道部。
1992 〈宗教與儀式〉，莊英章等編著，《文化人類學》，pp.65-89，台北：國立空中大學。
1992 〈二十世紀人類學的啟動者：馬凌諾斯基〉，黃應貴編，《見證與詮釋：當代文化人類學思想家》，pp.142–179，台北：正中書局。
1992 〈爆竹でわきかえる北港朝天宮の媽祖祭〉，《旅の世界史》7：12-15，東京：朝日新聞社。
1993 〈論天理教的「人的觀念」：神與人之間〉，黃應貴主編，《人觀，意義與社會》，pp.363–387，台北：中央研究院民族學研究所。
1993 〈日本AINU人的春天來得特別晚〉，《中國時報》關懷國際原住民系列，9月27日，台北：中國時報社。
1994 〈鳥居龍藏的生涯〉，遠流出版社台灣館編，《跨越世紀的影像》，pp.21–32，台北：順益台灣原住民博物館。
1994 〈長了翅膀的傳說：「莎韻之鐘」的文字書寫〉，《歷史月刊》79：113–114，台北：歷史月刊雜誌社。
1994 和歌一首，收於孤蓬萬里編著，《台灣萬葉集》，p.331，東京：集英社。
1995 〈東方海上的另類遭遇──與那國島與台灣〉，《宜蘭文獻》17：1-11，宜蘭：宜蘭縣史館。
1995 〈台灣に最も近い日本，與那國島〉，胎中千鶴譯、笠原政治、植野弘子編，《台灣》，pp.287–295，東京：河出書房新社。
1995 〈日本的宗教教育〉（李亦園、黃智慧合著），刊於教育部委託計畫「宗教教育之國際比較及政策研究」計畫報告書，頁9-123。
1996 〈泰雅族與其拼音書寫系統〉，黃榮泉、黃智慧合著，《番族慣習調查報告書――第一卷泰雅族》中譯本，pp.9-19，台北：中央研究院民族學研究所。
1997 〈日本宗教教育現況評析〉，《教育研究集刊》38：95-126，台北：國立師範大學教育學系。
1997 〈人群漂流移動史料中的民族接觸與文化類緣關係：與那國島與台灣〉，《考古人類學刊》52：19-41，台北：國立台灣大學人類學系。
1997 〈沖繩獨立論的爆發──復歸日本二十五週年的覺醒〉，《日本文摘》137：130-134，台北：日本文摘雜誌社。
1997 〈沖繩賽龍舟〉，《日本文摘》139：151-154，台北：日本文摘雜誌社。
1997 〈對談：文化の交差點，沖繩--新しい視座を求めて。〉，Asia Center News 7:1-4, Tokyo: The Japan Foundation Asia Center.
1997 Huang, Chih Huei, “A Taiwanese Indigenous Peoples’ View of the Environment－An Analysis of the Anti-dam Construction Movement－” in Asian-Pacific Center ed., Views of the Environment in Asian Countries－Their Relationship to Sustainable Development－, pp.83-93. Tokyo: The United Nations University.
1998 〈台灣先住民の環境觀──ダム建設反對運動の分析から〉，山折哲雄編著，《アジアの環境・文明・人間》，pp.149–163，東京：法藏館。
1998 〈漂流關係史料からみた八重山と台灣〉，《台灣原住民族との交流會News Letter》16：2–7，東京：台灣原住民族との交流會。
1999 〈日本對台灣原住民族宗教的研究取向：殖民地時期官學並行傳統的形成與糾葛〉，徐正光，黃應貴主編，《人類學在台灣的發展：回顧與展望篇》，pp.143–195，台北：中央研究院民族學研究所。
1999 〈天理教における「人間觀」〉，天理インターカルチャー研究所編輯部譯，Studies of Worldviews 8：1–20，天理：天理インターカルチャー研究所。
1999 〈危機にさらされた民族境界線――九二一大震災後の台灣原住民〉，安場淳、胎中千鶴譯，《台灣原住民研究》4：248–255，東京：台灣原住民研究會。
2000 〈導讀：理解日本人的宗教意識：感悟日本人的心〉，山折哲雄著，鄭家瑜譯，《近代日本人的宗教意識》，pp.1-10，台北：立緒文化事業。
2000 〈南北源流交匯處：沖繩與那國島人群起源神話傳說的比較研究〉，《民族學研究所集刊》89：207–235，台北：中央研究院民族學研究所。
2000 〈芋仔餅e清香〉，台灣文月刊《時行》19：33，台南：時行台語文會。
2001 Huang, Chih Hui, “The Yamatodamashi of the Takasago Volunteers of Taiwan: A Reading of the Postcolonial Situation.” in Harumi Befu and Sylvie Guichard-Anguis eds., Globalizing Japan: Ethnography of the Japanese Presence in Asia, Europe, and America, pp.222–250. London: Routledge.
2001 〈台灣先住民が經営する現代の桃源鄉，ブヌン・ビレッジ〉，青木保編著《ホテルからアジアが見える》，pp.47–68，東京：海竜社。
2001 〈台灣研究者の論著リスト〉，日本順益台灣原住民研究會編，《台灣原住民研究概覽日本からの視點》，pp.341–373，東京：日本順益台灣原住民研究會。
2001 〈「小泉參拜靖國神社」事件〉，《自由時報》自由廣場第13版，8月20日，台北：自由時報社。
2001 Huang, Chih Hui, “Culture at root of Yasukuni issue.” THE DAILY YOMIURI, p.6, Sep. 11, Tokyo: The Daily Yomiuri.
2001 〈台灣人「さまよえる2か月」〉，《讀賣新聞》第12版〔論點〕，10月31日，東京：讀賣新聞社。
2002 《中央研究院「亞洲季風區高地與低地的社會與文化」主題計畫「環東臺灣海黑潮流域族群之社會與文化」計畫期末報告》。台北：中央研究院。
2002 〈川柳作品64首〉，《台灣川柳會會報》，No.98-106，台北：台灣川柳會。
2003 〈ポストコロニアル都市の悲情――台北の日本語文藝活動について〉，橋爪紳也編，《アジア都市文化學の可能性》，pp.115–146，大阪：清文堂。
2003 Huang, Chih Hui, “The Transformation of Taiwanese Attitudes toward Japan in the Post-colonial Period.” in Narangoa Li and Robert Cribb eds., Imperial Japan and National Identities in Asia, 1895-1945, pp.296–314. London: RoutledgeCurzon.
2003 〈日本對台灣原住民族宗教的研究取向：殖民地時期官學並行傳統的形成與糾葛〉，張珣・江燦騰合編，《台灣本土宗教研究的新視野和新思維》，pp.1-62，台北：南天書局。（1999論文之增補版）
2003 〈蘭嶼とバタン諸島の民族的關連性――研究史をふりかえって〉，《CASニューズレター》119:37-40，東京：慶応義塾大學地域研究センター。
2004 〈台灣原住民の步み：2003年を振り返る〉，山本春樹、黄智慧、パスヤ・ポイツォヌ、下村作次郎共編，《台灣原住民の現在》，pp.19-29，東京：草風館。
2004 〈戰後台灣的『日本文化論』書物中顯現的『對日觀』〉，《亞太研究論壇》26:94-118，台北：中央研究院亞太區域研究專題中心。
2004 《台灣原住民の現在》，山本春樹、黄智慧、パスヤ・ポイツォヌ、下村作次郎共編著，東京：草風館。
2005 〈失散的文化鎖錬：與那國島的『玉祭』與其周圍諸民族〉，福建師範大學中琉關係研究所編，《第九屆中琉歷史關係國際學術會議論文集》，pp. 221–236，北京：海洋出版社。
2005 〈『絆』というもの〉，收於《台灣原住民族との交流會十周年記念誌》，pp.25-27，東京：台灣原住民族との交流會。
2005 〈官員迷惘，古蹟遭殃〉，《自由時報》自由廣場，10月26日，台北：自由時報社。
2006 〈『戰後』台灣における慰霊と追悼の課題――日本との關連について――〉，國際宗教研究所編《現代宗教2006特集慰霊と追悼》pp.51-75，東京：東京堂出版。
2006 〈「戰後」台灣各族群對戰歿者的追悼方式與課題：兼論其與日本關係〉，黃進自編，《近現代日本社會的蛻變》，pp.607-633，台北：中央研究院人文社會科學研究中心亞太區域研究專題中心。
2006 〈植民地期における台灣原住民族宗教研究のながれ――『官』『學』両傳統の形成と軋轢――〉，木村自譯，《台灣原住民研究》10：137-188，東京：風響社。
2006 〈台灣における『日本文化論』に見られる對日觀〉，《アジア・アフリカ言語文化研究》71：146-168，東京外國語大學アジア・アフリカ言語文化研究所。
2006 〈台灣を代言するポストコロニアル柳人〉，今川乱魚編，《酔牛 李琢玉川柳句集》，pp.127-133，大阪：新葉館出版。
2006 〈戰後處理：如何看待高砂義勇隊慰靈碑？〉，《自由時報》A15自由廣場，2月19日，台北：自由時報社。
2006 〈誰來撫慰敗戰傷痕？〉，《自由時報》A23自由廣場，2006年8月18日，台北：自由時報社。
2007 「環「東台灣海」文化圏における島際關係史――與那國島を中心に――」，「沖繩海人文化の系譜」報告書，pp.7-11，財團法人海洋博覽會記念公園管理財團。
2007 〈迎向阿伊努民族的春天〉，《原教界》18：40-49。
2007 〈「Aynu＝アイヌ」的漢字譯名是「愛努」還是「阿伊努」？──「Aynu民族」漢字譯名的原則性問題〉，《原教界》18：144-147。
2007 〈中華民國 不值得鬥〉，《自由時報》自由廣場，2007年2月13日，台北：自由時報社。
2007 〈沒有815 哪有428〉，《自由時報》自由廣場，2007年8月18日，台北：自由時報社。
2007 〈日本應幫助台灣入聯〉，《自由時報》自由廣場，2007年11月4日，台北：自由時報社。
2007 Huang, Chih Hui, “Japan has to repay its moral debt to Taiwan,” TAIPEI TIMES, Nov. 9, 2007, pp.8
2008 〈導論〉，林美容、郭佩宜、黃智慧合編，《寬容的人類學精神──劉斌雄教授紀念論文集》，pp.1-17，台北：中央研究院民族學研究所。
2008 〈東南亞與東北亞的接合處：環「東臺灣海」海域蘊藏的學術生機〉，林美容，郭佩宜，黃智慧合編，《寬容的人類學精神──劉斌雄教授紀念論文集》，pp.485-506。台北：中央研究院民族學研究所。
2008 《寬容的人類學精神──劉斌雄教授紀念論文集》，林美容、郭佩宜、黄智慧合编，台北：中央研究院民族學研究所。
2008 〈靖國神社信仰與台灣英靈〉，《日台交流歷史研究者交流事業活動報告書》，pp.11。
2008 〈海角七號小小錯誤以及情書隱喻之「殖民主的後殖民情境」〉，《自由時報》自由廣場，2008年10月12日，台北：自由時報社。
2008 〈你中有我，我中有你〉，平野久美子著，潘扶雄譯，《多桑的櫻花》序文，pp.5-6，台北：繆思出版。
2009 〈台灣における日本觀の交錯――族群と歴史の複雑性の視角から――〉，《日本民俗學》259:57-81，東京：日本民俗學會。
2009 〈看見希望–八八災後原住民自主重建組織概況〉，《TAHR報》2009冬季號 pp.14-17，台北：台灣人權促進會。
2009 〈深刻的族群不平等，如何彌平〉，《自由時報》自由廣場，2009年3月29日，台北：自由時報社。
2009 〈「アジアの一等國」の後ろ姿〉，「台灣原住民族との交流會」寄稿，2009年5月1日。
2010 〈台灣的日本觀解析（1987-）：族群與歷史交錯下的複雜系統現象〉，《思想》14：53-97，台北：聯經出版公司。
2010 〈ポストコロニアル台灣における重層構造――日本と中華〉，西川潤‧蕭新煌編《東アジア新時代の日本と台灣》， pp.159-193，東京：明石書店。
2010 〈「東台灣海」文化圏の視点から見た與那國の島際關係史〉，與那國町史編纂委員會事務局編，《與那國町史第二巻民俗編》pp.34-51，沖繩：與那國町役場。
2010 〈中華民國在台灣（1945-1987）──「殖民統治」與「遷佔者國家」說之探討〉，台灣教授協會編，《中華民國流亡台灣60年暨戰後台灣國際處境》pp.61-192，台北：前衛出版社。
2010 〈移動と漂流史料における民族の接触と文化類緣關係──與那國と台灣──〉，稻村務譯，《地理歴史人類學論集》1：43-61， 琉球大學法文學科。
2010 〈舒緩當代的族群困境：十年來我所參與之公共事務省思〉，《人類學視界》5:6-9，台北：臺灣人類學民族學學會。
2010 〈台湾原住民族と八八水害───「びんろう」による被災情報交換と資料（特集 八八水害と台湾原住民族）〉，小川正恭、黄智慧、石村明子共編，《台湾原住民研究》14：80-129，東京：風響社。
2010 〈台灣原住民族と八八水害：「びんろう」による被災情報交換と資料〉，黄智慧、小川正恭、石村明子共編著，《台灣原住民研究》14:80-129，東京：台灣原住民研究會。
2011 Huang, Chih Hui, “Ethno‐cultural connections among the Islands around Yonaguni‐jima: The network of the “East Taiwan Sea”，OGASAWARA RESEARCH（小笠原研究）37 :7-24，Tokyo: Ogasawara Research Committee of Tokyo Metropolitan University.
2011 〈南北文化の邂逅地──與那國島における人類起源神話傳説の比較研究──〉，森田健嗣、石村明子合譯，日本順益台灣原住民研究會編，《台灣原住民研究》15：48-78，東京：風響社。（2000論文之日文譯本）
2011 〈八八水災原住民族文化守護：理念與實務之落差〉，謝仕淵、陳静寛主編，《行腳西拉雅》，pp.131-152，臺南：國立臺灣歷史博物館。
2011 〈解讀高砂義勇隊的「大和魂」：兼論台灣後殖民情境的複雜性〉，《台灣原住民族研究學報》1（4）：139-174，台北：台灣原住民族研究學會。
2011 〈國慶日前夕，聽見原住民族的哀嚎〉，《自由時報》自由廣場，2011年10月12日，台北：自由時報社。
2012 〈19世紀前原漢衝突〉、〈20世紀初期原日衝突〉、〈原住民族與白色恐怖〉、〈原住民族權利促進運動〉、〈原住民族還我土地運動〉、〈雅美/達悟族反核廢料運動〉、〈原住民族婦女運動〉、〈原住民社運團體〉、〈原住民族與災變〉，文化部《臺灣大百科全書》（線上版）。台北：行政院文化部。
2012 〈台灣における日本觀の交錯――族群と歴史の複雑性の視角から〉，鈴木洋平、森田健嗣合譯，法政大學國際日本學研究所編，《地域発展のための日本研究》，pp.43-70，東京：法政大學國際日本學研究センター。
2012 〈移動と漂流史料における民族の接触と文化の類緣關係――與那國島と台灣――〉，稻村務譯、津波高志編，《東アジアの間地方交流の過去と現在――濟州と沖繩・奄美を中心にして》，pp.365-392，東京：彩流社。
2012 〈「多元文化」理念的脆弱性：莫拉克災後重建政策思維，法令與組織型態〉，潘英海主編，《再現南台平埔族群文化」學術研討會論文集》，pp.49-72，台北：國立臺灣博物館。
2012 〈八八災後台灣原住民族抗爭運動事件簿〉，潘英海主編，《展望南台平埔族群文化」學術研討會論文集》，pp.13-51，台北：國立臺灣博物館。
2012 〈台灣における『日本文化論』に見られる對日觀〉，三尾裕子編《台灣における〈日本〉認識――宗主國位相の発現・転回・再検証――》，pp.259-299，東京：風響社。
2012 〈災後學習之旅──從阿禮（Adiri）出發〉，包基成編，《文化瑰寶Adiri雲端上的部落》，pp.12-13，台北：順益原住民博物館。
2012 〈台灣原住民と八八水害（続）〉，小川正恭、石村明子、松岡格共編著，日本順益台灣原住民研究會編，《台灣原住民研究》16：69-122，東京：風響社。
2013 「이동과표류사료에나타난민족간의접촉과문화의유연관게」，윤용택，이장익，쓰하다카시編，『제주와오키나와』，pp.490-523，首爾：보고사。
2013 〈解讀高砂義勇隊的「大和魂」──兼論台灣後殖民情境的複雜性〉，《第一屆台灣近代戰爭研討會論文輯》，2013年4月，高雄：春暉出版社。
2013 〈又見中華民族沙文主義〉，《自由時報》自由廣場，2013年6月22日，台北：自由時報社。
2013 〈搶救瀕危邵族 應有更高規格機制〉，《台灣立報》第10版，2013年9月6日，台北：台灣立報社。
2013 〈「文化力」の時代：21世紀のアジアと日本〉書評，《台灣人類學刊》11(2):216-219，台北：中央研究院民族學研究所。
2014 〈從「服貿」經濟的盲點，看族群共生的未來〉，《全球客家研究》3:279-299，新竹：國立交通大學客家文化學院。
2014 〈用最美麗的肢體語言述說臺灣的生命故事〉，《墾臺之歌──客家張達京大型舞劇》節目冊序文，2014年。台中：台灣青年舞團。
2015 Huang, Chih Hui, “Ethnic Diversity, Two-Layered Colonization, and Complex Modern Taiwanese Attitudes toward Japan” in Andrew D. Morris ed., Japanese Taiwan: Colonial Rule and its Contested Legacy, pp.133–153. London: Bloomsbury Academic.
2015 《臺灣原住民族自然主權與公權力間衝突解決機制探討》計畫結案報告書。國立台灣大學生物資源暨農學院實驗林研究計畫，pp.12，台北：國立台灣大學生物資源暨農學院。
2016 〈小鄉誌大視野：沖繩與那國島修史事業展現的胸襟與志氣〉，《民族學界》38：155-182，台北：國立政治大學民族學系。
2016 〈懷念黃天橫先生──益壯會、川柳會、昭和町會的文化人世代〉，黃天橫家屬編，《黃天橫先生追思錄》，pp.150-156。
2016 〈心如春水柔──宋文薰先生與日本〉，《人類學視界》19:10-13。
2016 〈春水のごとく柔らかに──宋文薫先生と日本──〉，黄智慧、森若裕子訳，《台湾原住民研究》20：220-223，東京：風響社。
2017 〈誰愛台北？請讓俞大維故居繼續說故事〉，《聯合報》A14版，2017年9月2日，台北：聯合報社。
2017 〈李亦園先生與臺灣民族學人類學學會的正名〉，中央研究院民族學研究所編，《懷念李亦園院士》，pp.139-141，台北：中央研究院民族學研究所。
2017 〈台灣瀕危族群文化困境及其守護方案探討〉，胡台麗、余舜德、周玉慧編，《跨．文化：人類學與心理學的視野》，台北：中央研究院民族學研究所。
2017 〈「台湾は捨て子」〉，收於崔吉城編《ワン・アジアに向けて》，pp.28-31，下關：東亞大學東アジア文化研究所。
2017 〈黃智慧：與渡邊義孝建築師探訪山海樓〉，《獨立評論@天下》，2017年10月27日，台北：天下雜誌社。
2018 〈都更地王，管中閔怎麼看俞大維故居？〉，《自由時報／自由廣場》，2018年01月08日，台北：自由時報社。
2018 〈俞大維故居爭議案，其實可以「六贏」！〉，《獨立評論@天下》，2018年01月25日，台北：天下雜誌。
2018 〈台北「昭和町」の日イベントを開催〉，《台湾協会報》第766號，2018年7月15日，東京：公益財團法人台灣協會。
2019 〈「故郷大安」里帰り歓迎会および展示会開催〉，《台湾協会報》第778號，2019年7月15日，東京：公益財團法人台灣協會。
2019 〈消滅危機に瀕する台湾の微小民族の苦境及びその支援と改善策の検討〉，丸山勝譯，《台湾原住民研究》23：81-110，東京：風響社。（2017論文日文譯本）
2019 Huang, Chih Hui, Yosuke Kaifu, Chih-hsing Lin, Akira Goto, etc., “Palaeolithic seafaring in East Asia: testing the bamboo raft hypothesis”, Antiquity:93(372): 1424-1441, Cambridge: Antiquity Publications Ltd.
2019 〈台北昭和町の日本家屋群の保存修復活動につて〉、〈守護臺日共同的文化資產：台北舊「昭和町」建築群的歷史修復行動〉，收於久部良和子主編，《台湾 黒潮でつながる隣ジマ》，pp.44-47，那霸：沖繩縣立博物館・美術館。
2020 Huang, Chih Huei, “Legacy and Aftermath: Reflections on the Development of Anthropology between Taiwan and Japan”, Japanese Review of Cultural Anthropology. Vol.22-2:1-6.
2020 台湾における「日本文化論」に見られる対日観，三尾裕子編，《台湾における＜日本＞認識宗主国位相の発見・転回・再検証》，pp.261-301，東京：風響社。（2006論文修訂再版）
2020 〈「台北市設市慶百年：台日友好祝賀會」活動紀要〉，《台日文化經濟協會》第50期會刊冬季號，pp.1-6。
2021 〈愛與和平：以和解共築未來的歷史胸襟〉，收於平野久美子著，黃耀進譯，《牡丹社事件：靈魂的去向》，pp.9-15，台北：游擊文化公司。
2021 〈李登輝精神與台日關係〉，收於董思齊主編《李登輝學X學李登輝》，pp.284-305，台北：釀出版。
2021 《109-110年度新北傳統知識與實踐：三貂角沿海婦女漁撈採集文化普查成果報告書》，p.1-台北：新北市政府文化局。
2021 〈1910年Gogan泰雅族對日戰役〉，收於遠藤寬哉原著，陳怡如譯，1911《蕃匪討伐紀念寫真帖》，pp.3-27，南投：國史館臺灣文獻館。
2021 〈百年前「理蕃」戰爭的多面性〉，收於遠藤寬哉原著，陳怡如譯，1912《臺灣蕃地寫真帖》，pp.3-28，南投：國史館臺灣文獻館。
2021 〈連結「人」與「人」的人類學者：馬淵東一〉，收於馬淵東一原著，黃 智慧主編，李蕙雰、馮秋玉、黃淑芬翻譯，1974《馬淵東一著作集》第三卷，pp.3-22，台北：中央研究院民族學研究所。
2022 〈人類學家胡台麗的側影與背影〉，收於李赫編《永遠的田野：胡台麗紀 念文集》。
2022 〈川柳で代言する戦後台湾の「日本語人」――李琢玉先生の思い出〉，平野久美子著《トオサンの桜 台湾日本語世代からの遺言》， pp.3-8，東京：潮書房光人新社。（2006增修再收錄）
2022 〈小島地緣政治學────日本與那國島的美麗與憂愁〉，《薰風》季刊21：6-13，台北：風月襟懷文化事業有限公司。
2022 〈日本對台灣原住民族宗教的研究取向：殖民地時期官學並行傳統的形成與糾葛〉，張珣・江燦騰主編，《宗教環境學與臺灣大眾信仰變遷新視野》第一卷，pp.69-129，台北：元華文創股份有限公司（1999,2003論文增修再收錄）。
2022 〈一九一三年日本與Knazi等泰雅族各群大會戰及高山探險記錄〉，收於臺灣日日新報社原編，陳怡如譯，《大正貳年討蕃紀念寫真帖》，pp.3-34，南投：國史館臺灣文獻館。
2022 〈官學之外的民力展現：二十世紀早期日治臺灣原住民族群寫真秀逸作〉，收於成田武司原編，陳怡如譯，《臺灣生蕃種族寫真：附理蕃實況》，pp.3-20，南投：國史館臺灣文獻館。
2022 〈東京閑步 遇見文京區教育起源地景〉，《薰風》季刊22，台北：風月襟懷文化事業有限公司。
2022 〈魯凱族阿禮部落在八八水災後的生態與生業變遷：從一場農委會被原民提起的行政訴訟談起〉，收於郭素秋主編《臺灣原住民農業生態:由史前到現代》，PP.292-327，台北：中央研究院歷史語言研究所。
二、編輯
1996 《番族慣習調查報告書：第一卷 泰雅族》，台灣總督府臨時台灣舊慣調查會原著，中央研究院民族學研究所譯，黃智慧主編，台北：中央研究院民族學研究所。
1998 《番族慣習調查報告書：第三卷 賽夏族》，台灣總督府臨時台灣舊慣調查會原著，中央研究院民族學研究所譯，黃智慧主編，台北：中央研究院民族學研究所。
2000 《番族慣習調查報告書：第二卷 阿美族 卑南族》，台灣總督府臨時台灣舊慣調查會原著，中央研究院民族學研究所譯，許木柱、黃智慧合編，台北：中央研究院民族學研究所。
2010 《災後重建、避難防災與民族自治》八八水災週年會議手冊，黃智慧主編，7月11日～12日，財團法人小米穗原住民文化基金會、台灣原住民族部落行動聯盟主辦，屏東縣霧台鄉愛鄉發展協會協辦。台北：財團法人小米穗原住民文化基金會。
2011 《八八災後：七件攸關原住民族權益的法律實例》八八水災二週年會議手冊，黃智慧主編，8月13日，財團法人小米穗原住民文化基金會主辦。台北：財團法人小米穗原住民文化基金會。
2015 《台灣小而美族群文化論壇》會議手冊，黃智慧主編，7月10-11日，財團法人小米穗原住民文化基金會、台灣平埔原住民族文化學會、台灣原住民族學院促進會、南投縣魚池鄉邵族文化發展協會主辦。台北：財團法人小米穗原住民文化基金會。
2015 《公共人類學的未來挑戰：「參與／共做」方法論的可能》會議手冊，黃智慧主編，12月18-20日，中央研究院民族學研究所「行動人類學」研究群主辦。台北：中央研究院民族學研究所。
2017 《文化存亡興衰的未來挑戰：族群和解／共生的可能》國際研討會手冊，黃智慧主編，12月8-9日，中央研究院民族學研究所「行動人類學」研究群主辦。台北：中央研究院民族學研究所。
2019 《跨越黑潮：台灣東方海洋文化探究國際學術研討會》會議手冊，黃智慧、林志興主編，12月15-16日，國立台灣史前文化博物館、中央研究院民族學研究所、國家海洋研究院主辦，國立成功大學考古學研究所、台灣故鄉文史協會協辦。台東：國立台灣史前文化博物館。
2021 《馬淵東一著作集》第三卷，馬淵東一原著，黃智慧主編，李蕙雰、馮秋玉、黃淑芬翻譯，1974，台北：中央研究院民族學研究所。
2021 《重現台北昭和町多元共居生活史》活動記錄，黃智慧主編，台北：社團法人台灣故鄉文史協會。
三、翻譯
1986 〈非單系社會之研究──以台灣泰雅族與雅美族為例〉，王崧興原著，黃智慧翻譯，黃應貴編，《台灣土著社會文化研究論文集》，pp.565-597，台北：聯經出版公司。
1994 〈鳥居龍藏博士與台灣〉，宋文薰原著，黃智慧翻譯，遠流出版社台灣館編，《跨越世紀的影像》，pp.17-20，台北：順益台灣原住民博物館編集。
2001 〈我是何人耶〉，王崧興原著，黃智慧翻譯，徐正光主編，《漢人與周邊社會研究》，pp.333-334，台北：唐山出版社。
2021 《蕃匪討伐紀念寫真帖》，1911，遠藤寬哉原著，陳怡如譯，黃智慧監譯，南投：國史館臺灣文獻館。
2021 《臺灣蕃地寫真帖》，1912，遠藤寬哉原著，陳怡如譯，黃智慧監譯， 南投：國史館臺灣文獻館。
2022 《大正貳年討蕃紀念寫真帖》，臺灣日日新報社原編，陳怡如譯，黃智慧監譯，pp.3-34，南投：國史館臺灣文獻館。
2022 《臺灣生蕃種族寫真：附理蕃實況》，成田武司原編，陳怡如譯，黃智慧監譯，pp.3-20，南投：國史館臺灣文獻館。
